Koirien geenitestit, osa 2

Edellisessä osassa kerrottiin pintapuolisesti minkä takia koirilla teetetään geenitestejä, millaisia asioita niillä voidaan selvittää, miten testit tehdään ja millainen on testaamani koira. Tässä postauksessa käydään läpi kahden testin tulokset. Koska viime kerralla unohdin mainita tämän haluan painottaa, että kummankaan testin tapauksessa en antanut firmoille mitään vihjettä koiran ulkonäöstä tai alkuperästä. Latasin koiran kuvan palveluihin vasta tulosten jälkeen. Tällä tavoin halusin varmistaa etteivät firmat "fuskaisi" katsomalla koiran ulkonäöstä vihjeitä.

Kuten aiemmassa osassa sanoin en juuri välitä Wisdom Panelista. Sen rotuvalikoima on suppea ja Pohjois-Amerikkaan keskittyvä. Terveystulokset tältä firmalta voivat olla rotuveikkauksia luotettavampia, mutta säästin rahaa ottamalla vain rotuihin keskittyvän version.

Wisdom Panelin tulos:

25% saksanpaimenkoira, 12,5% amerikaneskimokoira, 12,5% chow chow, 12,5% shetlanninlammaskoira, sekä 37,5% tuntematonta/epäselvää, jonka WP veikkaa koostuvan roturyhmistä vinttikoirat, seurakoirat, Lähi-idän ja Afrikan rodut, terrierit ja paimenkoirat. Toisin sanoen hyvin suuri osa tuloksista on "lol emme tiiä". Olin tästä varsin tuohtunut, sillä koin laittaneeni rahaa aivan hukkaan. Pidin myös amerikaneskimokoiraa naurettavana vaihtoehtona, sillä rotu olisi Venäjällä hyvin harvinainen, jos sitä siellä esiintyy edes ollenkaan. Herneet nenässä otin yhteyttä firman asiakaspalveluun ja sain vastauksen pian. Asiakaspalvelija kertoi, että Bonon näytteessä ei ollut mitään vikaa ja sitä oli ollut helppo lukea, mutta näytteestä ei selkeästi erottunut mikään muu rotu kuin saksanpaimenkoira. Tälläiset tulokset ovat heillä yleisiä ei-amerikkalaisten koirien kanssa.
Wisdom Panelin geenipankki on muodostettu American Kennel Clubin hyväksymien rotujen perusteella, sekä muutamien Iso-Britannian, Alankomaiden ja Saksan kennelliittojen rotujen perusteella. Rotukoirien verilinjoissa on myös pieniä eroavaisuuksia maasta riippuen.

Täten pidin Wisdom Panelin tuloksia merkityksettömänä liirumlaarumina ja siirryin kalliimman, mutta laadukkaamman Embarkin puoleen. Tässä linkki tuloksiin. Embarkin kohdalla otin mukaan myös terveystulokset, sillä Embark testaa luotettavasti yli 150 eri geneettistä sairautta ja lääkeaineherkkyyttä. Testi on niin luotettava, että Amerikassa suurin koirien terveystarkastuksia virallistava taho Orthopedic Foundation for Animals hyväksyy tulokset virallisina. Erityisen huolissani olin saksanpaimenkoirilla yleisestä degeneratiivisesta myelopatiasta, joka alkaa vaivaamaan vanhempia koiria. Bonolla ei kuitenkaan ole riskiä sairastua yhteenkään heidän testin sisältämään sairauteen, eikä se ole minkään sairauden kantaja. Hyvä homma. Tämä ei kuitenkaan ole sataprosenttinen tae koiran terveydestä, vaan osa isoa palapelia. Geenitestillä ei esimerkiksi voi korvata luustokuvauksia ja koirani voi yhä olla rakenteellisesti täysi fiasko, vaikka tältä osin terveen paperit on saatu.

Mielenkiintoisena lisänä sain tietää Bonon sukusiitosprosentin (Coefficient of Inbreeding, COI), mikä oli päätä huimaava 1%. Vertailuna määrä olisi vanhempi+lapsi tai sisko+veli -parituksessa 25%, sisarpuolten parituksessa 12,5% ja serkkujen parituksessa 6,25%. Tämän päivän rotukoirilla määrä on keskimäärin 15-30% luokkaa, vaikka paperilla monella määrä on pienempi. Ero johtuu siitä, että perinteisesti sukusiitoksen määrä lasketaan vain muutaman viimeisen sukupolven perusteella, yleensä noin viiden perusteella, ja jos koiran sukupuussa ei näennäisesti ole viime aikoina harrastettu linjasiitosta voi luku olla 0%. Rotukoiralla luku ei kuitenkaan voi koskaan olla 0%, ellei koiran toinen vanhempi ole rotuun otettu täysin erisukuinen koira. Tämä on äärimmäisen harvinaista. Rotukoirien verilinjat menevät aina takaisin samoihin kantakoiriin, ja mikäli geenitestiä ei tehdä tai sukusiitosprosenttia ei lasketa koko tiedossa olevan sukupuun perusteella alkuun, aina kantakoiriin asti ei todellista määrää voida tietää. Kasvattajat huijaavat itseään laskemalla määrän vain muutaman sukupolven perusteella. Tästä aiheesta voi lukea lisää muun muassa Border Warsin blogista. Lisäksi kiinnostava juttu oli Bonon geneettinen ikä, joka tällä hetkellä olisi 51 ihmisvuotta, mikä koiran ollessa 6-vuotias käy järkeen. Embarkilla saa selville myös koiran väri- ja turkinlaatugeenit, mutta koska minulla on silmät päässä ja koirani ei ole jalostuseläin en ole niihin vielä jaksanut perehtyä.

Sitten rotuihin.

Embarkin mukaan Bono on 36,6% saksanpaimenkoira, 15% länsisiperianlaika, 10,8% newfoundlandinkoira, 6,2% shetlanninlammaskoira, 6% chow chow, sekä pienimmät määrät on yhdistetty 25,4% supermutt -nimikkeen alle, joka saattaa koostua roduista kaukasiankoira, eurasier, belgian laekenois, sekä hovawart. Siinäpä oli sekametelisoppaa. Yhteistä Wisdom Panelin kanssa oli saksanpaimenkoira, shetlanninlammaskoira ja chow chow, vaikka näiden määrät vaihtelivat hieman. Uskon myös, että Wisdom Panelin amerikaneskimokoira olisi Embarkissa esiintyvä eurasier, sillä kummatkin rodut on luotu saksalaisten pystykorvien avulla ja tätä paljolti Eurooppaan rajoittuvaa rotua tuskin löytyy Wisdom Panelista. Eurasier on kuitenkin ehkä vähän yllättävä vaihtoehto ja on laitettu mukaan vaan epämääräisenä vaihtoehtona, joten uskon kyseessä olevan jonkinlainen saksanpystykorva eikä välttämättä eurasier tai amerikaneskimokoira. Laikat ja kaukkarit ovat yleisiä koiria Venäjällä, tässä ei ole mitään yllättävää. Chow chowt ovat olleet suuri muotirotu 80-luvulla ja tämä buumi näkyy yhä katukoirien perimässä. Nöffi ja hovawart ovat myös ihan järkeenkäypiä, olen jostain saanut käsityksen venäläisten pitävän jättiroduista. Sheltit ovat suosittuja melkein kaikkialla. Ainut todella yllättävä rotu oli laekenois, joka on belgianpaimenkoirien harvinaisin muunnos ja ei oikeastaan missään yleinen. Monissa Euroopan maissa on myös sallittua risteyttää muunnoksia keskenään ja rekisteröidä pennut sen perusteella mitä muunnosta ne eniten muistuttavat. En siis ihan purematta niele tätä laekenois -heittoa, mutta uskon kyseessä olleen kuitenkin belgianpaimenkoira. Wisdom Panelin ehdottamia terrieriä, Lähi-Idän ja Afrikan koiria, ja vinttikoiria ei löytynyt.

Embarkin tulokset ovat hyvin järkeenkäypiä ottaen huomioon koirani ulkonäön ja luonteen, sekä sen alkuperäpaikan. Näin monen eri rodun yhdistelmä voi joillekin kuulostaa epätodennäköiseltä, mutta kehotan epäilijöitä käymään vilkaisemassa millaista pentu- ja kodinvaihtajatarjontaa on Apulassa ja muissa netin myyntipalstoilla. Suomessakin tehdään mitä kummallisempia yhdistelmiä tarkoituksella ja vahingossa, yhdistä tähän sitten muiden maiden lemmikkien hylkäyskulttuuri. Koirani oli peräisin Pietarista, joka on katukoiria täynnä oleva suurkaupunki ja kaupunkilaisilla tuppaa olevan erilaisia koiria kuin landepaukuilla. Tulokset voisivat olla hyvin erilaisia mikäli koira olisi joltain syrjäisemmältä seudulta.

Vastaan mielelläni jos aihe synnytti kysymyksiä, Embarkin tuloksissa on myös monessa kohtaa kysymysmerkin kuva, jota klikkaamalla aiheesta voi saada lisätietoa.

Koirien geenitestit, osa 1

PÄIVITYS: Linkki seuraavaan osaan.

Tämä aihe on jaettu kahteen osaan. Seuraavassa osassa paljastan kahden testin tulokset ja analysoin niitä tarkemmin. Tässä osassa annan mitä ja miksi -perusteluita koiran testauttamiselle, sekä kerron millainen testaamani koira on.

Olen useamman vuoden seurannut nettikeskusteluja kahdesta suositusta koiran geenitestistä. Kyseiset testit ovat Wisdom Panel ja Embark. En ole rahasta tehty, joten teetin halvemman Wisdom Panelin koirallani viime vuonna ja vasta nyt viimein sain tehtyä Embarkin alennushinnalla. Olen tietenkin ensisijaisesti kiinnostunut oman koirani terveydestä ja sukupuusta, mutta olen myös erittäin kiinnostunut tästä teknologiasta ja haluan tukea ja seurata sen kehitystä. Geenitestien avulla voidaan selvittää asioita ei pelkästään yhdestä koirayksilöstä, vaan monen tuloksen avulla voidaan tehdä johtopäätöksiä kokonaisten koiraryhmien suhteen. Vertailemalla monia tuloksia voidaan saada uutta tietoa värien periytymisestä, sairauksista, tietyllä alueella yleisistä roduista, rodun sisällä yleisistä sairauksista ja sisäsiitoksen määrästä, ja niin edelleen. Koirasusien tapauksessa testeillä voidaan todistaa koirissa oikeasti olevan sutta, sekä myös peritty suden määrä. Mikäli koskaan päädyn kasvattamaan koiria käyttäisin ehdottomasti Embarkia, sillä se on helppo ja halpa tapa selvittää yleisimmät sairaudet ja millaisia väri- ja turkkigeenejä koirat kantavat. Tämän teknologian ansiosta on jonain päivänä mahdollista selvittää ensimmäisten koirien syntypaikka(/paikat) ja miten koirat ovat levinneet ympäri maapalloa. Mitä enemmän tuloksia saadaan sitä tarkemmaksi teknologia muodostuu. Sekarotuisten koirien tulokset ovat tässä yhtä hyödyllisiä kuin rotukoirien tulokset.

Oma koirani Bono oli entinen katukoira Venäjän Pietarista. Täten sen suku oli tuntematon, mutta jotain pystyi päättelemään sen ulkonäön ja luonteen avulla. Rotujen selville saaminen ei tulisi muuttamaan mielipidettäni koirastani suuntaan tai toiseen, mutta olin tietenkin utelias saamaan ne selville. Aluksi teetin halvemman version Wisdom Panelista, joka sisälsi vain rotutunnistuksen. Embarkin kanssa otin sekä rodut että terveystarkastuksen. Saksanpaimenkoirilla ja niiden sekoituksilla yleinen degeneratiivinen myelopatia, eli DM, eli etenevä selkäydinrappeuma kummitteli aina mielessäni ja halusin viimein mielenrauhan sen suhteen. Kyseinen sairaus on rodulla hyvin yleinen ja siihen ei ole parannuskeinoa. Mikäli koirallani olisi mahdollisuus sairastua siihen halusin varautua ajatukseen ajoissa. Koirani ollessa jo 6-vuotias sairaus kummitteli mielessäni yhä useammin. Bono on noin 65 cm korkea ja 30-35 kiloinen, puolipitkäkarvainen, maksanruskea, ja sen toinen korva lerpattaa. Ulkonäöltään se on hyvin saksanpaimenkoiramainen, joten arvelin tuota rotua löytyvän siitä noin puolet. Alunperin oletin sen olevan vain muutaman rodun tuotos, mutta testien perusteella sen esi-isät ovat selkeästi olleet kaduilla kauemman aikaa, lisääntyen jos minkäkin elukan kanssa. Luonteeltaan se on erittäin reaktiivinen, mutta muutoin rauhallinen. Sille on yhtä ok olla monen tunnin lenkillä tai kävellä vain korttelin ympäri. Uusia temppuja ja aivotyöskentelyä on kiva tehdä, mutta on ihan jees myös maata kuolleena sohvalla. Samojen juttujen toisto ei myöskään tunnu haittaavan. Monia asioita se tajuaa ihan itse, kuten kiertää puut sun muut jotta pitkä hihna ei jäisi mihinkään kiinni. Mutta ah se reaktiivisuus, jotkut tykkäävät tempperamenttisista tyypeistä, mutta liika on liikaa. Bono on erittäin epäluuloinen vieraita ihmisiä ja koiria kohtaan ja tämä on koulutuksesta huolimatta tullut jäädäkseen. Kiimaiset nartutkin ovat saaneet vain haukut päällensä. Niin reviiritietoinen tyyppi, että välillä puskassa tsirpittävät linnutkin saavat nupin kireälle. Jotkin asiat, kuten pyöräily voivat myös nostattaa stressikierroksia. Pyöräily pitää suorittaa hyvin tarkasti koko ajan katsoen ettei Bono ala stressaantua, sillä silloin se alkaa haukkua pyörälle ja yrittää hyökätä etupyörään kiinni. Kiinnostava erikoistapaus, joka on opettanut minulle paljon.

En ottanut Wisdom Panelin aikaan näytteenotosta kuvia, mutta WP:n näyte otettiin poskisolunäytteellä kuten myös Embarkilla. Tilauksen jälkeen kestää viikko pari kun testipaketti lähetetään Amerikasta Suomeen. Paketissa on vanupuikko, jota pyöritellään koiran suun sisäpuolella vähintään 30 sekunttia ja sitten puikko laitetaan mukana tulleeseen putkiloon, jossa on jotain säilymistä edistävää mönjää. Testiä kutsutaan monesti kuolatestiksi tms, mutta uskon tarkoituksena olevan pikemminkin kerätä puikkoon irronneita poskisoluja. Ennen näytteenottoa koira ei saa olla syönyt tai olla kosketuksissa muihin koiriin ainakaan puoleen tuntiin. Jos koira on vaikka paininut toisen koiran kanssa sen suusta voi löytyä toisen DNA:ta, mikä sekoittaisi testitulosta. Muiden eläinten ja ihmisten solut mukana tuskin haittaavat, mutta esimerkiksi ruuan palat voivat pilaannuttaa näytettä paluumatkan aikana. Embarkin kanssa sain testipaketin noin viikon sisällä kotiini, näyte löysi tiensä perille Amerikkaan vähän yli viikossa, 16.7. sain Embarkilta sähköpostin, jossa kerrottiin heidän alkaneen analysoida näytettä, ja 10.8. tulokset olivat valmiita. Wisdom Panelin kanssa kulutettua aikaa en enää muista, mutta ei se pitkältä tuntunut.

Näiden kahden testien välillä suosittelen ehdottomasti Embarkia. Wisdom Panel on hyvin epäluotettava ja teetin sen lähinnä huvin vuoksi, sillä on mielenkiintoista päästä vertaamaan sen tuloksia Embarkin kanssa. WP:n epätarkkuudesta löytyy paljon valituksia ja vaikka sen yli 250 rodun valikoima kuulostaa ensin laajalta, on se loppujen lopuksi hyvin suppea. Nämä rodut ovat vain Amerikassa yleisesti tavattavia rotuja (mukana on myös muutama jenkkilään keskittyvä harvinaisuus) ja heillä on hyvin vähän vertailuaineistoa muun maailman koirista. Myös Embark mainitsee saman 250 luvun, mutta heillä on selkeästi paljon laajempi vertailuaineistomäärä, joka kasvaa ja kehittyy jatkuvasti uusien tuloksien myötä. Embark lisää uusia rotuja geenipankkiinsa jatkuvasti, mukana on puhdasrotuisten koirien lisäksi paljon eri kolkkien villikoiria. Läheskään kaikkia tunnistettavia rotuja ei ole lisätty vielä heidän sivuilleen, esimerkiksi tiedän heidän voivan tunnistavan puhdasrotuisia japanin tosia, länsisiperianlaikoja ja saarloos wolfhondeja, mutta näitä ei ole laitettu vielä esille. Tunnistettavien rotujen määrä heillä on reilusti yli tuon 250:n ja näytteitä on kerätty oikeasti ympäri maailman. WP:tä suosittelen lähinnä jos rahatilanne on huono. Mikäli koirassa on vain yleisimpiä perusrotuja voi se olla täysin tarkkakin. Embarkin tuloksia olin syynännyt pari vuotta ennen kuin viimein tilasin sellaisen itselleni. Etenkin amerikkalaisten koirasusien keskuudessa testi on saanut suuren suosion ja koska koirasusien sukupuista on pidetty (melko) hyvää lukua on testin tarkkuus voitu selkeästi nähdä. Viimeistään siinä vaiheessa olin myyty, kun näin testin pystyvän erottamaan tietyissä koirasusissa olevan jäljellä vain muutaman hassun prosentin harmaanorjanhirvikoiraa. Tätä rotua oli todistettavasti lisätty jenkkien koirasusiin useampi vuosikymmen sitten ja rotu on muuten superharvinainen Amerikassa, joten kyseessä ei voinut olla vain tuulesta temmattu arvaus. Terveystuloksien suhteen Embark on niin tarkka, että Amerikassa suurin koirien terveystestejä järjestävä järjestö, Orthopedic Foundation for Animals, eli OFA hyväksyy Embarkin tulokset virallisina. Olen myös erittäin tyytyväinen Embarkin asiakaspalveluun, he vastasivat kysymyksiini lähes välittömästi ja uuden tiedon muodostuessa he päivittävät vanhoja tuloksia tarpeen tullen.

Tulipa siinä puheripulia. Seuraavassa osassa tsekataan ne tulokset, mietitään miksi niissä on eroavaisuuksia, mietitään onko jossain mennyt jokin mönkään ja niin edespäin. Pysykää kanavilla.