sunnuntai 19. elokuuta 2018

Koirien geenitestit, osa 2



Edellisessä osassa kerrottiin pintapuolisesti minkä takia koirilla teetetään geenitestejä, millaisia asioita niillä voidaan selvittää, miten testit tehdään ja millainen on testaamani koira. Tässä postauksessa käydään läpi kahden testin tulokset. Koska viime kerralla unohdin mainita tämän haluan painottaa, että kummankaan testin tapauksessa en antanut firmoille mitään vihjettä koiran ulkonäöstä tai alkuperästä. Latasin koiran kuvan palveluihin vasta tulosten jälkeen. Tällä tavoin halusin varmistaa etteivät firmat "fuskaisi" katsomalla koiran ulkonäöstä vihjeitä.

Kuten aiemmassa osassa sanoin en juuri välitä Wisdom Panelista. Sen rotuvalikoima on suppea ja Pohjois-Amerikkaan keskittyvä. Terveystulokset tältä firmalta voivat olla rotuveikkauksia luotettavampia, mutta säästin rahaa ottamalla vain rotuihin keskittyvän version.

Wisdom Panelin tulos:


25% saksanpaimenkoira, 12,5% amerikaneskimokoira, 12,5% chow chow, 12,5% shetlanninlammaskoira, sekä 37,5% tuntematonta/epäselvää, jonka WP veikkaa koostuvan roturyhmistä vinttikoirat, seurakoirat, Lähi-idän ja Afrikan rodut, terrierit ja paimenkoirat. Toisin sanoen hyvin suuri osa tuloksista on "lol emme tiiä". Olin tästä varsin tuohtunut, sillä koin laittaneeni rahaa aivan hukkaan. Pidin myös amerikaneskimokoiraa naurettavana vaihtoehtona, sillä rotu olisi Venäjällä hyvin harvinainen, jos sitä siellä esiintyy edes ollenkaan. Herneet nenässä otin yhteyttä firman asiakaspalveluun ja sain vastauksen pian. Asiakaspalvelija kertoi, että Bonon näytteessä ei ollut mitään vikaa ja sitä oli ollut helppo lukea, mutta näytteestä ei selkeästi erottunut mikään muu rotu kuin saksanpaimenkoira. Tälläiset tulokset ovat heillä yleisiä ei-amerikkalaisten koirien kanssa.
Wisdom Panelin geenipankki on muodostettu American Kennel Clubin hyväksymien rotujen perusteella, sekä muutamien Iso-Britannian, Alankomaiden ja Saksan kennelliittojen rotujen perusteella. Rotukoirien verilinjoissa on myös pieniä eroavaisuuksia maasta riippuen.

Täten pidin Wisdom Panelin tuloksia merkityksettömänä liirumlaarumina ja siirryin kalliimman, mutta laadukkaamman Embarkin puoleen. Tässä linkki tuloksiin. Embarkin kohdalla otin mukaan myös terveystulokset, sillä Embark testaa luotettavasti yli 150 eri geneettistä sairautta ja lääkeaineherkkyyttä. Testi on niin luotettava, että Amerikassa suurin koirien terveystarkastuksia virallistava taho Orthopedic Foundation for Animals hyväksyy tulokset virallisina. Erityisen huolissani olin saksanpaimenkoirilla yleisestä degeneratiivisesta myelopatiasta, joka alkaa vaivaamaan vanhempia koiria. Bonolla ei kuitenkaan ole riskiä sairastua yhteenkään heidän testin sisältämään sairauteen, eikä se ole minkään sairauden kantaja. Hyvä homma. Tämä ei kuitenkaan ole sataprosenttinen tae koiran terveydestä, vaan osa isoa palapelia. Geenitestillä ei esimerkiksi voi korvata luustokuvauksia ja koirani voi yhä olla rakenteellisesti täysi fiasko, vaikka tältä osin terveen paperit on saatu.



Mielenkiintoisena lisänä sain tietää Bonon sukusiitosprosentin (Coefficient of Inbreeding, COI), mikä oli päätä huimaava 1%. Vertailuna määrä olisi vanhempi+lapsi tai sisko+veli -parituksessa 25%, sisarpuolten parituksessa 12,5% ja serkkujen parituksessa 6,25%. Tämän päivän rotukoirilla määrä on keskimäärin 15-30% luokkaa, vaikka paperilla monella määrä on pienempi. Ero johtuu siitä, että perinteisesti sukusiitoksen määrä lasketaan vain muutaman viimeisen sukupolven perusteella, yleensä noin viiden perusteella, ja jos koiran sukupuussa ei näennäisesti ole viime aikoina harrastettu linjasiitosta voi luku olla 0%. Rotukoiralla luku ei kuitenkaan voi koskaan olla 0%, ellei koiran toinen vanhempi ole rotuun otettu täysin erisukuinen koira. Tämä on äärimmäisen harvinaista. Rotukoirien verilinjat menevät aina takaisin samoihin kantakoiriin, ja mikäli geenitestiä ei tehdä tai sukusiitosprosenttia ei lasketa koko tiedossa olevan sukupuun perusteella alkuun, aina kantakoiriin asti ei todellista määrää voida tietää. Kasvattajat huijaavat itseään laskemalla määrän vain muutaman sukupolven perusteella. Tästä aiheesta voi lukea lisää muun muassa Border Warsin blogista. Lisäksi kiinnostava juttu oli Bonon geneettinen ikä, joka tällä hetkellä olisi 51 ihmisvuotta, mikä koiran ollessa 6-vuotias käy järkeen. Embarkilla saa selville myös koiran väri- ja turkinlaatugeenit, mutta koska minulla on silmät päässä ja koirani ei ole jalostuseläin en ole niihin vielä jaksanut perehtyä.

Sitten rotuihin.

Embarkin mukaan Bono on 36,6% saksanpaimenkoira, 15% länsisiperianlaika, 10,8% newfoundlandinkoira, 6,2% shetlanninlammaskoira, 6% chow chow, sekä pienimmät määrät on yhdistetty 25,4% supermutt -nimikkeen alle, joka saattaa koostua roduista kaukasiankoira, eurasier, belgian laekenois, sekä hovawart. Siinäpä oli sekametelisoppaa. Yhteistä Wisdom Panelin kanssa oli saksanpaimenkoira, shetlanninlammaskoira ja chow chow, vaikka näiden määrät vaihtelivat hieman. Uskon myös, että Wisdom Panelin amerikaneskimokoira olisi Embarkissa esiintyvä eurasier, sillä kummatkin rodut on luotu saksalaisten pystykorvien avulla ja tätä paljolti Eurooppaan rajoittuvaa rotua tuskin löytyy Wisdom Panelista. Eurasier on kuitenkin ehkä vähän yllättävä vaihtoehto ja on laitettu mukaan vaan epämääräisenä vaihtoehtona, joten uskon kyseessä olevan jonkinlainen saksanpystykorva eikä välttämättä eurasier tai amerikaneskimokoira. Laikat ja kaukkarit ovat yleisiä koiria Venäjällä, tässä ei ole mitään yllättävää. Chow chowt ovat olleet suuri muotirotu 80-luvulla ja tämä buumi näkyy yhä katukoirien perimässä. Nöffi ja hovawart ovat myös ihan järkeenkäypiä, olen jostain saanut käsityksen venäläisten pitävän jättiroduista. Sheltit ovat suosittuja melkein kaikkialla. Ainut todella yllättävä rotu oli laekenois, joka on belgianpaimenkoirien harvinaisin muunnos ja ei oikeastaan missään yleinen. Monissa Euroopan maissa on myös sallittua risteyttää muunnoksia keskenään ja rekisteröidä pennut sen perusteella mitä muunnosta ne eniten muistuttavat. En siis ihan purematta niele tätä laekenois -heittoa, mutta uskon kyseessä olleen kuitenkin belgianpaimenkoira. Wisdom Panelin ehdottamia terrieriä, Lähi-Idän ja Afrikan koiria, ja vinttikoiria ei löytynyt.

Embarkin tulokset ovat hyvin järkeenkäypiä ottaen huomioon koirani ulkonäön ja luonteen, sekä sen alkuperäpaikan. Näin monen eri rodun yhdistelmä voi joillekin kuulostaa epätodennäköiseltä, mutta kehotan epäilijöitä käymään vilkaisemassa millaista pentu- ja kodinvaihtajatarjontaa on Apulassa ja muissa netin myyntipalstoilla. Suomessakin tehdään mitä kummallisempia yhdistelmiä tarkoituksella ja vahingossa, yhdistä tähän sitten muiden maiden lemmikkien hylkäyskulttuuri. Koirani oli peräisin Pietarista, joka on katukoiria täynnä oleva suurkaupunki ja kaupunkilaisilla tuppaa olevan erilaisia koiria kuin landepaukuilla. Tulokset voisivat olla hyvin erilaisia mikäli koira olisi joltain syrjäisemmältä seudulta.

Vastaan mielelläni jos aihe synnytti kysymyksiä, Embarkin tuloksissa on myös monessa kohtaa kysymysmerkin kuva, jota klikkaamalla aiheesta voi saada lisätietoa.

6 kommenttia:

  1. Hyvin syventyvä ja sopivan kevyt artikkeli. Harmi, ettei suomalaisissa koira-tai tiedejulkaisuissa löydy paljon tähän aiheeseen liittyvää infoa. Ei edes yhden yhtä dokumenttia.
    Luulisi nyt tällaisen aiheen herättävän koirapiireissä enemmän mielenkiintoa.

    Tämän vertailun perusteella testaisin Romanian rescueni ehdottomasti Enbarkilla myös varmistaakseni, ettei se ole minkään taudin kantaja, sillä ulkomaalaisiin papereihin ja leimoihin ei ole aina luottaminen.

    Wisdom panel vaikuttaa humpuukilta.
    37% epäselvää?!
    Kaikkea vinttikoiran, terrierin ja seurakoiran väliltä on aika suuri heitto.

    (o.0)

    Kuvissa Bono näyttää perineen selvästi sakenmannia, belgianpaimenkoiraa ja hitusen kaukkaria.

    VastaaPoista
    Vastaukset
    1. Kiitos kommentista. Epämääräisten tulosten lisäksi WP:ssä on huonoa se, etteivät he enää vaikuta kehittävän palveluaan millään tavalla. Uusia rotuja ei lisätä ja vanhojen tuloksien pariin ei palata, jos niissä on ollut jotain hämminkiä. Embark sen sijaan kehittyy koko ajan ja epäselvissä tapauksissa testaa koiria uudelleen heidän saadessa uutta tietoa. Esimerkiksi eräs Venäläinen katukoira tuli Embarkilla takaisin 50% saksanpaimenkoirana ja 50% tuntemattomana. Nyt varmaankin puolen vuoden jälkeen Embark on itse ottanut yhteyttä omistajaan ja luvannut testatuttaa koiran uudestaan, ilmaiseksi, sillä heillä on nyt enemmän näytteitä venäläisistä koirista. Omalla kohdallani WP jätti paljon tuntemattomaksi ja heitti suoraan hanskat tiskiin, ei mitään puhetta, että kenties tulevaisuudessa voitaisiin kokeilla uudestaan.

      Poista
  2. Vau! Kiitos tämän jakamisesta! Välillä tekisi mieli itseänikin testauttaa. Kun ihmisten tuloksia en ole nähnyt jaettavan, niin hurahdin tähän ihan täysin.

    Enbark vaikuttaa todella perinpohjaiselta. Henkilökohtaisesti pidän tautigeenien testausta luotettavana ja roduille ominaisten DNA-jaksojen erittelemistä täysin sattumankaupalta. Minkä takia olen varsin skeptinen tulosten suhteen.

    Kuitenkin, prosenttien perusteella veikkasin yhden Bonon isovanhemmista olevan saksanpaimenkoira ja Enbarkin lisätietojen perusteella (äidinpuoleinen haplotyyppi) Bonon emo vaikuttaa juuri saksanpaimenkoiran miksiltä, mutta isän puoli jää hämäräksi, ja ainakaan vaihtoehdoista ei ole pulaa; haplotyyppi antaa isästä vielä lisäksi parhaimpana vaihtoehtona mäyräkoiran tai vihikoiran. :D Haplotyyppi nyt ei ole yhtään sen luotettavampi kuin kromosomiston vertailu, mutta tämä olisi voinut vahvistaa alkuperän jos viitteitä olisi löytynyt muulla tarkastelulla. Vaikuttaa tosiaan siltä, että rotujen tunnistuksessa on vielä parannettavaa ja mikäli tietokanta tästä päivittyy, tulos saattaa olla toisella kertaa eri. Tämän hetkiseen tilanteeseen verrattuna Wisdom panelin 40% tuntematonta geeniperimää kuulostaa paljon rehellisemmältä ja harkitummalta vastaukselta ilman turhia lupailuja kuin Enbarkin todetut arviot roduista.

    VastaaPoista
    Vastaukset
    1. Näen pointtisi, mutta Embark on tällä hetkellä parhain rotutesti ja olen parisen vuotta seurannut tuloksia keskustelupalstoilla. Toisin kuin WP:n kanssa en ole törmännyt räikeisiin virheisiin silloin kun koiran taustat ovat olleet tiedossa. Tämä teknologia ei ole satavarmaa, mutta se on parasta mitä tällä hetkellä on tarjolla ja jatkaa kehitystään. Firma juuri julkaisi uuden tutkimustyönsä huskyjen sinisilmäisyyden periytyvyydestä, ja pidän siitä, että uudet tiedot päivittyivät automaattisesti vanhoihinkin tuloksiin. (Eli sain nyt tietää ettei Bonolla ole kopiota tästä geenistä) WP ei ole tilaukseni jälkeen ollut minuun lainkaan yhteydessä, sen sijaan Embark lähettelee välillä uutisia ja tiedusteluja, joihin vastaamalla voi auttaa heidän tutkimuksissaan. Viime sähköpostikysely käsitteli ikääntyvien koirien liikuntavaivoja, tai jotain sinne päin. Kyllä, olen lafkan fani.

      Poista
  3. Nyt kun testin tekemisestä ja tämän tekstin kirjoittamisesta on jo vuosia aikaa, olisi kiintoisaa tietää, onko sen jälkeen selvinnyt jotakin uutta kiintoisaa Bonosta? Oletettavasti Embark edelleen kehittää testejään ja päivittää vanhoja tuloksiaan?

    VastaaPoista
    Vastaukset
    1. Embark kyllä kehittyy jatkuvasti ja lisää uusia testattavia asioita. Testaamisen jälkeen uusi lisätty juttu oli ainakin sinisten silmien geeni, joka päivitettiin automaattisesti kaikkiin vanhoihin tuloksiin. Vanhat näytteet ovat Embarkilla koneella tallessa, joten jos saman koiran haluaa testauttaa uudelleen, ei uutta näytettä tarvitse lähettää. Testasin Bonon uudelleen vuonna 2019 ja silloin tuloksiin ei tullut muutosta. Tämä ei maksanut mitään. En ole varma maksavatko uusinnat nykyään jotain. Nyt onkin jo kulunut useampi vuosi, joten voisin varmaan taas pyytää päivitystä.

      Poista